Empaquetando tutoriales

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Empaquetar los tutoriales es una excelente alternativa para hacer llegar nuestras lecciones interactivas a un grupo grande de usuarios; una vez que se ha instalado el paquete, se puede ejecutar localmente. Esto evita los costos de publicar los tutoriales como aplicaciones Shiny y posible problemas en la conexión a Internet. Como es un paquete, también puede contener datos propios para trabajar durante las lecciones.

En este post les comparto el paso a paso para crear un paquete para sus tutoriales de learnr.

Cómo hacer un paquete para un tutorial {learnr}

Nuestro objetivo es que puedas generar un paquete mínimo para tu tutorial y que el mismo sea descargable e instalable por tus usuarios y estudiantes. La forma más rápida de lograr este objetivo es usando GitHub como lugar para almacenar tu paquete (aunque se puede realizar con otras plataformas).

Para realizar este paso a paso, estoy asumiendo los siguientes pre-requisitos:

• Tienes una cuenta de GitHub y podes usar GitHub desde RStudio (solo es necesario un conocimiento básico de git).
• Estás comoda/o con conceptos básicos de uso de R y RStudio.
• Entiendes cómo funcionan los proyectos de R.
• Entiendes los conceptos básicos de Rmarkdown.
• Estás familiarizada/o con la creación de tutoriales con {learnr}.

Paquetes necesarios

Tenes que tener instalados y cargados lo siguientes paquetes: devtools, usethis, roxygen2, learnr

Generando el repositorio de GitHub

Este paso a paso nos permitirá generar el repositorio de GitHub y el proyecto de RStudio para generar nuestro paquete.

Nota: Para quienes quieran aprender más sobre Git y proyectos de RStudio pueden leer este post o mirar y seguir este curso.

1. Crear un nuevo repositorio en GitHub. El nombre del repositorio que elijas terminará siendo el nombre de tu paquete, asi que seleccionemos con cuidado.

2. Copia la URL del repositorio en tu portapapeles. Para esto hacer clic en el botón verde Clonar (Clone) o Descargar (Download). Copia la URL HTTPS (se parece a: https://github.com/{tuusuariodegit}/{elnombredeturepo}.git ).

3. Abre RStudio y crea un nuevo proyecto de RStudio a través de git clone. Hacer esto haciendo clic en File> New project> Version Control> Git. Pegar la URL copiada. Seleccionar con cuidado la carpeta dónde RStudio creará este nuevo proyecto.

4. Hacer clic en Crear proyecto. Tu proyecto R ahora está conectado a GitHub

Agregar archivos y carpetas para un paquete

Ahora crearemos la estructura para convertir este proyecto de R en un paquete.

1. La infraestructura de paquetes básica necesaria se creará cuando ejecutes el siguiente código:

usethis::create_package("<ruta_a_carpeta/nombre_del_paquete>")

2. La salida de la consola te preguntará si quieres sobrescribir el proyecto R preexistente. Selecciona No. El detalle de la salida en la consola se puede ver en la siguiete figura.

3. Se abrirá una segunda sesión de RStudio. Esta sesión tiene una pestaña de Build en el panel que también tiene las pestañas de Environment, History, etc. Esta pestaña es específica para construir paquetes, y la usaremos más adelante. Puedes cerrar la primera instancia de RStudio.

Agregue archivos y directorios para un tutorial

Ahora vamos a agregar el contenido del tutorial.

1. Creemos el tutorial ejecutando este código:

usethis::use_tutorial("<nombre-del-tutorial>", "<Título del Tutorial")

El primer argumento es el nombre del archivo learnr sin la extensión .Rmd. El segundo argumento es el título del tutorial que verán los usuarios.

Esto crea un directorio inst/ con algunas subcarpetas. Esta es la estructura tradicional de los tutoriales learnr, no cambia por estar en un paquete.

2. Puedes abrir la carpeta inst/ y sus subcarpetas hasta llegar al archivo .Rmd que creamos:

/inst/tutorials/<nombre-del-tutorial>/<nombre-del-tutorial>.Rmd

3. Puedes editar ese archivo para generar tu tutorial o bien copiar allí otros archivos .Rmd que ya tengas armados de tus tutoriales.

Los pasos 1 a 3 deben ser repetidos tantas veces como tutoriales queramos incluir en este paquete.

Crear, instalar y usar tu paquete con tutoriales {learnr}

Ahora tenemos que generar el paquete e instalarlo para poder usarlo.

1. Se puede generar desde el panel o menu Build de RStudio, haciendo clic en Install and Restart (instalar y reiniciar).

2. También se puede hacer por código:

   devtools::install()

¡Listo! Ya creamos un paquete con un tutorial interactivo. Para probar que nuestro paquete se ha creado correctamente vamos a cargar el tutorial desde el paquete instalado siguiendo estos pasos:

3. Todos los tutoriales learnr se indexan y muestran automáticamente en el panel Tutorial de RStudio. Al hacer click en Start Tutorial (iniciar tutorial), se ejecutará el tutorial en dicho panel (se puede agrandar o abrirse en una ventana en el navegador).

4. También se puede ejecutar por código con la forma learnr::run_tutorial("<nombre-del-tutorial>", "<nombre-del-paquete>").

El nombre del tutorial aquí se refiere al nombre del archivo .Rmd, no al título que se presenta al usuario. En este ejemplo:

learnr::run_tutorial("TextMining", package = "TextMiningTutorial")

El tutorial se abrirá en una ventana del navegador local.

Publicando tu tutorial

Llegó el momento de compartir nuestro paquete con tutoriales interactivos con el mundo y para eso debemos publicarlo en GitHub.

1. Si hasta el momento no lo has hecho, ahora necesitamos hacer commit y push a GitHub. Esto lo hacemos desde el panel Git en RStudio.

2. En el README.md agregar las instrucciones para la instalación y ejecución de tu tutorial como se presenta en la imágen de ejemplo:

Esas instrucciones deben incluir:

• Como instalar el paquete learnr y el paquete remotes (en caso que no los tengan instalado)
• El código para instalar el paquete: remotes::install_github("github/nombre-del-tutorial"), para el ejemplo sería:

remotes::install_github("yabellini/TextMiningTutorial")

• Instrucciones para ejecutar el tutorial, indicando tanto el uso del panel Tutorial, como la ejecución por código, como este ejemplo:

learnr::run_tutorial("TextMining", package = "TextMiningTutorial")

Trabajo terminado

Con estos pasos terminamos de generar un tutorial de learnr en un paquete. Cada vez que actualicemos o cambiemos algo, deberemos generarlo de nuevo usando Build y luego Install y Restart el paquete localmente antes de hacer Commit y Push de estos cambios a GitHub.

Fuentes

1. How to deliver learnr tutorials in a package. Desirée De Leon

2. Empaquetando tutoriales interactivos. Yanina Bellini Saibene

3. Primeros pasos de Git con R. Yanina Bellini Saibene, Marysol Gatti